Pusat Kajian Perguruan Tinggi Indonesia merupakan organ APTIK setara dengan Jaringan yang awalnya dibentuk pada tahun 2016 sebagai sebuah gugus tugas. Karena perannya yang cukup penting, maka pada Kongres ke-37 tahun 2020, dinaikkan statusnya menjadi Pusat Kajian.

Pusat Kajian Perguruan Tinggi Indonesia memiliki tugas untuk mengkaji berbagai kebijakan dan regulasi pemerintah mengenai pendidikan tinggi, dan memberikan rekomendasi dan masukan kepada pemerintah terkait dengan hal tersebut. PKPTI juga berpartisipasi secara aktif di dalam mengembangkan wacana publik tentang pendidikan nasional di berbagai media.

Susunan Tim Pusat Kajian Perguruan Tinggi Indonesia adalah sebagai berikut:

Ketua : Dr. Titik Kristiyani, M.Psi., Psi.
Sekretaris : Dr. V. Luluk Prijambodo, M.Pd.
Bendahara : Enny Winarti, M.Hum., Ph.D
Anggota : Drs. Johanes Eka Priyatma M.Sc., Ph.D.
Prof. Robertus Wahyudi Triweko, Ph.D.
Prof. Dr. Ir. Y. Budi Widianarko, M.Sc
F.X. Ouda Teda Ena M.Pd., Ed.D.
Rohandi Ph.D.
Dr. Yohanes Harsoyo S.Pd., M.Si.
Dr. Yosef Wijoyo M.Si., Apt.
Drs. Tarsisius Sarkim M.Ed., Ph.D.
The Jin Ai, S.T., M.T., D.Eng.
Dr. Ir. Johanes Pramana Gentur Sutapa, M.Sc.